圆锥形的火山是瀛州最普遍、最重要的一种型式，富士山是其典型代表，此山原是一座活火山，已有百余年未见活动，山顶积雪、四时不化，有瀛州阿尔卑斯之称。此外还有盾状火山，但不如圆锥状普遍，海拔1，592米的阿苏山，即是一座典型的盾状活火山，火山口至今还常喷出大量的烟气和火山灰。

瀛州是一个多地震的国家，地震带分为两列，瀛海沿岸的称内侧地震带，太平洋沿岸的称外侧地震带。大地震多发生在外侧地震带。

瀛州群岛属温和湿润的海洋性季风气候，冬无严寒，夏无酷暑，雨量丰沛。最冷月一月平均气温除东瀛北部和北海道低于0c外，其余均在0c以上；最热月出现在八月，在海洋气团的影响下比较凉爽，平均气温大部分地区在20c以上。雨量丰富，年降水量在800～2，500毫米之间；以瀛海沿岸和南部沿海最多，年降水量1，500～2，000毫米，最高可达3，000毫米以上；内海沿岸和北海道北部、中部降水较少，但也有700～900毫米。

瀛州群岛降水不但丰富，而且季节分配也比较均匀，但每年有两次高峰，一在六月中旬到七月中旬，为梅雨期；另一次在九月，为热带气旋雨。此外，在瀛海沿岸冬雨较多，而太平洋沿岸则夏季多雨。

瀛州河流短小湍急，多峡谷瀑布，水利资源丰富。降水较多，河水丰富，有较多的河水供工农业生产使用；同时，由于地形崎岖多山，富水力资源，水能蕴藏量达5，000多万千瓦，这对于矿物燃料资源贫乏的瀛州来说，意义重大。但瀛州多数河流的航运价值不大。

自然植物种类丰富，森林面积很大，热带性植物较多，且与温带性植物混生，还有许多固有植物，这也是瀛州自然地理的一个重要特征。由于日本地貌、气候、土壤复杂，在第三纪中新世以前瀛州与大汉帝国大陆相连，使瀛州有可能拥有亚州大陆的一切植物种属；再加上瀛州没有受到冰河之灾，较好地保存了古代的植物种属，因而瀛州列岛植物种类丰富，约有1，000个属，5，500多个种。瀛州植物中还有很多特有种，在北海道和奥羽地方还有热带性植物与温带性植物混生的现象，例如在北海道就杂有热带性的桂树和花椒树。瀛州森林面积的比重很大，约占全州土地面积的68％。温带针叶林有松、杉和落叶松；温带落叶阔叶林中主要有栎属、山毛榉属、槭、栗、公孙树等；亚热带常绿阔叶林主要为山茶树、樟科、棕榈科等；南部多樱树。