国内革命统一战线建立后，国内的形势发生了巨大变化。共产党在全力支持北伐的同时，各地的工农运动也是如火如荼。但是共产党的主张，必定触及了生产资料和资本占有者的根基。以国民党右派为首的蒋介石等，于4月12日，在上海开始血腥的清党。

四一二事件发生以后，4月15日，李济深、钱大钧、古应芬在广州策应，同样开始了大范围的清党活动。毫无准备的共党人士惨遭杀害。由于以汪精卫为首的国民党左派，对共产党看法不同，国民党内部出现分裂。史称宁汉分裂，即以汪精卫为首，在武汉成立新政府，与之对抗，以蒋介石及新桂系等在南京成立新政府。

6月10日，汪精卫在郑州会同冯玉祥正式颁布清党，7月15日，汪精卫召开常务委员会扩大会议，公开宣布与共产党决裂，随即对共产党员和革命群众进行屠杀，并提出“宁可枉杀千人，不可使一人漏网。”至此蒋汪合流，国共正式分裂。共产党被迫于8月1日在南昌发动武装起义，建立自己的武装。

耿一夫随第一军兵出广州，鏖战福建，在杭州又血战了近一个月，参加了大小战斗数十次，真切的经受了血与火的洗礼。三月下旬他随部队进入上海，由于在征战中表现出色，再加上部队快速扩编，他由连长的位置擢升到营长，再度上演了军事生涯的升迁。

当初耿一夫率领部队进入上海时，其火热、激动地场面，给他留下了难以磨灭的印象，上海各界人士，发自肺腑的欢迎北伐将士。可是不久以后他离开上海时，久违的场面没有了，代之而来的是民众仇视的目光和血雨腥风。耿一夫在他的军事生涯中，唯有一次接受过民众的真心爱戴，继而又受到民众的仇视。国共两党的破裂，使耿一夫在风起云涌的大浪淘沙中，产生了质的变化，这种变化连他自己都无法想象。

4月10日上午，耿一夫突然接到团长薛岳的电话，让他火速赶到团部开军事会议。起初耿一夫闻听招开作战会议，内心一阵狂喜。认为部队会继续北上征战。当他和副营长赶到团部时，各营主官早已到达会场。可是耿一夫发现了一个新情况，团部卫兵持枪荷弹、如临大敌，气氛相当紧张，似乎一场大战即将来临。

耿一夫在黄埔军校期间，出于对蒋校长的崇拜，继而成为追随者。在蒋介石的影响下，他加入了国民党。坦率说没有这层身份，他也不可能擢升这么快。众军官就位以后，团长薛岳一身戎装，穿着铮亮的马靴走进来。

薛岳瞩目大家威严说：“现在形势非常严峻，种种迹象表明，共党分子已经成为党国的心腹大患。他们心怀叵测、妖言惑众，其主张已经彻底背离了中山先生的初中，危害了党国大业的安全，并已经到了不得不铲除的既要关头。”

薛岳扫视大伙接说：“蒋总司令命令！”全体军官唰的站了起来。“党国已经到了危急关头，不清除异己分子不足以完成中山先生交给我们的大业，上级命令我们全部清除共党分子。我宣布全团于今晚8时，统一采取行动，抓铺的共党分子一律就地枪决，听明白了吗？”

“明白，坚决完成任务！”众军官齐声回答。耿一夫机械的回答，大脑顿时处于真空状态。虽然他对共产党的某些主张热情的鼓吹过，某些主张曾心存异议，但是不至于剑拔弩张、展开杀戮，一时之间他的确难以接受。

散会以后，薛岳单独把他留下亲热说：“耿营长，你是党国的精英，千万不要自毁前程。我知道平时你和共党分子走得很近，但是我相信你，为了党国的大业，你会立场坚定，不会辜负蒋校长对我们的厚望，因为你是一名真正的军人。”耿一夫挺胸回答：“团坐放心，虽然我一时难以接受，但是军人以服从命令为天职，我绝不辜负党国对我的栽培和蒋校长的厚望，坚决完成任务。”薛岳满意的拍拍他的肩膀，没有再说多余的话。

回到营部，参谋长见他情绪不佳，有些担心说：“营长，我们……。”耿一夫挥挥手说：“副营长，你去布置吧！让我清静一会儿。”副营长走后，耿一夫坐在那里心情格外沉重。他百思不得其解，轰轰烈烈的北伐正在进行之中，为什么要对共党人士展开杀戮，这是为什么？

他脑海中浮现出那些共产党员和士兵打成一片的情景，他们身先士卒、冲锋陷阵的情景……。耿一夫看着自己的双手，思想激烈的斗争。难道自己真要对他们痛下杀手吗？一个声音反复述说：不要辜负党国、不要辜负党国……。良久，耿一夫刷的站了起来，另一种想法迅速占据主导地位，这也是为了民族、国家、党国的大业，作为一名军人，服从命令是自己的天职，我是在执行命令，我没有错误。

晚上行动前，耿一夫召集营部骨干开了一次会议，亲自部署后，他没有参加抓捕行动，毕竟面对曾经朝夕相处的“战友”，无法交代自己、感情难以割舍。抓捕行动一直持续到深夜，零星的枪声也持续到午夜。当天晚上士兵们情绪被动很大，他们不明真相，因为抓捕行动是在秘密情况下进行的，完全是由营部组织的特别行动队来执行。